Pelbagai jangkitan kelamin (STI) boleh disebabkan oleh aktiviti seksual. Satu kajian 2007 melaporkan bahawa dua kaji selidik penduduk yang besar dijumpai "majoriti lelaki gay mempunyai nombor yang sama pasangan seks tanpa perlindungan setiap tahun sebagai lelaki dan wanita heteroseksual."[29][30]

Sindrom Kurang Daya Tahan (AIDS) adalah penyakit manusia sistem imun yang disebabkan oleh virus kekurangan imun manusia (HIV).[31][32][33] Worldwide, an estimated 5–10% of HIV infections are the result of men having sex with men.[34] Walau bagaimanapun, dalam kebanyakan dunia Barat, lebih jangkitan HIV disebarkan oleh lelaki yang mengadakan hubungan seks dengan lelaki berbanding dengan mana-mana laluan penghantaran lain.[35] Di Amerika Syarikat, "lelaki yang mempunyai hubungan seks dengan lelaki sejak tahun 1977 mempunyai kelaziman HIV (jumlah kes-kes penyakit yang terdapat di dalam penduduk di tempat tertentu pada masa) 60 kali lebih tinggi daripada penduduk umum".[36]

Sifilis diluluskan dari seorang ke seorang yang lain melalui hubungan secara langsung dengan sakit sifilis; terutamanya pada alat kelamin luar, faraj, atau dubur.[37] Pada tahun 2006, 64% daripada kes yang dilaporkan di Amerika Syarikat adalah antara lelaki yang melakukan seks dengan lelaki.[37] Kenaikan dalam kejadian sifilis kalangan MSM telah dilihat di negara-negara maju yang lain. Contracting sifilis meningkatkan kadar pencemaran HIV dan sebaliknya, dan dengan itu satu kajian di Amerika Syarikat telah telah dapati bahawa separuh MSM dengan sifilis juga mempunyai HIV.[38] Beberapa kajian menggunakan sampel mudah membuat kesimpulan bahawa kenaikan itu boleh dikaitkan dengan peningkatan kadar seks tanpa kondom di kalangan MSM,[39] walaupun sekurang-kurangnya satu kajian yang menggunakan sampel nasional wakil telah mendapati bahawa kadar penggunaan kondom di kalangan MSM telah meningkat, tidak menurun, dalam dekad yang lalu, dan terdapat penurunan mendadak dalam kekerapan seks dubur dalam pertemuan seksual terakhir aktif MSM.[40]

Menurut kaji selidik AS, HVI, sifilis, dan ketuat dubur kedua-duanya adalah jauh lebih biasa di kalangan lelaki yang baru-baru ini mengadakan hubungan seks dengan lelaki (MSM) daripada kalangan orang-orang yang baru-baru ini mengadakan hubungan seks hanya dengan wanita (MSW). Sebaliknya, genital herpes adalah kurang biasa di kalangan MSM daripada kalangan MSW. Chlamydia, papillomavirus manusia, gonorea dan kutu melihat tiada perbezaan yang signifikan merentasi kedua-dua kumpulan.[41]